종근당홀딩스는 2013년 인적분할을 통해 지주회사 체제로 전환한 순수 지주회사로, 핵심 종속회사로는 종근당건강(건강기능식품), 경보제약(원료·완제의약품), 종근당바이오(항생제 원료 등), 종근당산업(임대업), 벨커뮤니케이션즈 등을 보유함. 지배회사 자체 매출은 배당수입·브랜드사용료·경영자문료 등으로 구성됨.

2025년(제71기) 연결 매출은 9,590억원으로 전년 9,578억원과 유사한 수준임. 부문별로는 종근당건강(건강기능식품)이 4,892억원(51%)으로 최대 비중을 차지하며, 경보제약(원료·완제의약품) 2,641억원(27.5%), 종근당바이오(항생제 원료 등) 1,601억원(16.7%), 종근당산업 외 기타 564억원 순임. 지역별로는 국내 8,173억원(85.2%)이 주를 이루며, 아시아·유럽·중동 등 해외 매출도 약 1,417억원을 기록함.

종근당건강은 유산균·오메가3 등 건강기능식품 온·오프라인 판매, 경보제약은 일반 API·세파계 API 및 완제 의약품 국내외 판매, 종근당바이오는 Potassium Clavulanate(항생제 원료) 등 수출 중심 사업을 영위함. 주요 자회사인 종근당(별도 상장)의 의약품 매출은 연결에 지분법으로 반영됨.